Afdeling for Sundhedstjenesteforskning ved Institut for Folkesundhed etableredes samtidig med instituttet d. 1. januar 2005. Forinden var der ved det daværende Institut for Epidemiologi og Socialmedicin i 1997 oprettet et professorat i sundhedstjenesteforskning med undervisningsopgaver ved Master of Public Health programmet. Til professoratet knyttedes desuden efter ansøgning en tværrådslig programbevilling fra Statens Sundhedsvidenskabelige Forskningsråd og Statens Samfundsvidenskabelige Forskningsråd mhp. udvikling af sundhedsøkonomisk forskning.

Afdelingens bemanding består af et professorat, et halvtids lektorat, et adjunktur og en data manager-stilling.